Po opylení mateřské rostliny dochází k tvorbě semene. Doba, kterou rostlina potřebuje k tomu, aby z oplozeného vajíčka vytvořila semeno, je různě dlouhá. V semenářské praxi si všímáme hlavně poslední fáze, kterou nazýváme zrání semen. U semene rozeznáváme tři stupně zralosti:
Zralost mléčnou, kdy semeno je naplněno řídkou, někdy bílou mlékovitou tekutinou, u většiny druhů dosti sladkou, neboť obsahuje cukry. Semeno je ejště zelené, úplně měkké a nemívá ještě ani svůj charakteristický tvar. Semena sklizená v tomto stupni zralosti nejsou klíčivá.
Zralost voskovou, ve které semeno získává svůj charakteristický tvar, stává se tvrdší, je však stále ještě vláčné. Ani v tomto stupni zralosti semena nesklízíme.
Zralost plnou, kdy ztrácí semeno vodu, získává svou charakteristickou barvu a je možno je sklízet.
Současně s vyzráním semene se upravují jeho fysiologické vlastnosti a semeno se stává fysiologicky zralé. Fysiologická zralost nastává někdy již na matečné rostlině, jindy však až kratší nebo delší dobu po sklizni semene (tzv. posklizňové dozrávání). Teprve semeno fysiologicky vyzrálé je klíčivé.
Dobu sklizně můžeme určit jen odhadem, protože je závislá na druhu rostlin, na odrůdě a na klimatických a povětrnostních podmínkách. Zkušený semenář si nevšímá pouze změn na vlastním semeni, ale sleduje celkový stav porostu. Porosty podle druhu a odrůdy vykazují často zvláštní změny ve svém vzhledu, podle kterých můžeme bezpečně usuzovat na vhodnou dobu ke sklizni. Tak např. některé rostliny se v době zralosti semene rozklesávají, jiné naopak jsou více sevřené. Většina porostů mění v době zrání svoji původní barvu, listová plocha bývá světlejší.
U většiny květin neprobíhá sklizeň najednou. Většinou sklízíme semeno postupně tak, jak jednotlivé partie uzrávají. Většina hvězdicovitých například vyzrává nestejnoměrně. Semena těchto rostlin, která jsou k sobě těsně nahloučena, sklízíme zvlášť opatrně, protože snadno plesnivějí.
Dozrávající semena je třeba chránit zvláště proti ptactvu a myším. Proti ptákům postačí, natáhneme-li nad pozemkem slabé provázky nebo nitě. Ptáci se takovým opatřením vyhýbají. Proti myším používáme otráveného zrní a ničíme jejich hnízda.
Sběr semene svěřujeme jen zkušeným pracovníkům, kteří nezamění semena a pečlivě je sklízejí. Jako sběracích nádob používáme proutěných nebo loubkových košů vyložených pevnou tkaninou nebo velkých plátěných zástěr, které jsou dvojité a pohodlně se přenášejí. Důležité je, abychom před započetím sklizně vložili do košíku nebo zástěry jmenovku, na které je napsáno číslo a jméno sklizené květiny. Dbáme aby se semeno při sklizni neznečišťovalo úlomky rostlin.
Sklizené semeno hned ukládáme do připravených nádob s přesně vyplněnou jmenovkou. Po sklizni semeno mlátíme nebo vydrolujeme. Malá množství jednotlivých odrůd se obyčejně vydrolují ručně. K výdrolu můžeme přikročit teprve tehdy, když jsou semena dostatečně vyschlá. Podle druhu rozemneme v dlaních části květů tak, až semeno uvolníme. K vyčištění malého množství semene používáme semenářských ošatek. Semeno z jedné ošatky přesypáváme na druhou tak dlouho, až oddělíme čisté semeno. Při přesypávání napomáháme oddělování zbytků foukáním nebo využíváme jemného vánku. Čím jemnější jsou semena, tím musí být vánek slabší a musíme přesypávat z menší výšky.
Větší množství sklizených rostlin mlátíme na malých speciálních mlátičkách s bohatou sadou vyměnitelných sít a seřízených tak, aby mlátičky vytřepaly všechna semena.
Po výmlatu nebo výdrolu semena zpravidla dosoušíme. Nejčastěji dosoušíme ve zvláštních místnostech, kde je dobře zařízené větrání a velmi jemná rovná podlaha. Větší množství semen vysypáváme přímo na podlahu na hromádky a označujeme je jmenovkou. Přístup do tohoto prostoru dovolíme pouze zapracovaným, naprosto spolehlivým zaměstatncům, aby se nepomíchala a nezaměnila semena. Větráme tak, aby nevznikl průvan, který by semena rozházel. V oknech musí být sítě. Sklízíme-li semena suchá, není dosušení potřeba. V mokrých letech bývá dosoušení semen značně obtížné.
Jakmile semeno vyschne na potřebný stupeň vlhkosti, můžeme je přečistit. Děje se tak na malých čistítcích strojích anebo u jemných semen i ručně, pomocí ošatek nebo semenářských misek. Jsou však i taková semena, která nevyčistíme jinak než ručním přebíráním. Vyčištěná semena se ukládají do plátěných sáčků nebo do lepenkových krabic válcovitého tvaru, které se však nezavírají. Do sáčku vkládáme jmenovku a na krabicích je nalepen trvanlivý štítek. Ukládáme je do jiného skladiště na dřevěné police a ve skladišti pečujeme o důkladné větrání a stabilní teplotu. Skladiště musí být suché, protože semeno vlhkostí velmi trpí. Poslední úpravou semene před expedicí je vážení a sáčkování. Je třeba dbát o to, aby semena při expedici byla označena správným jménem a nedocházelo k záměnám, které pak vzbuzují nedůvěru odběratelů semen. Pro obchodní potřebu se semena plní do malých barevných sáčků. Sáčky mají být vkusné a opatřeny stručným návodem pro pěstování obsaženého druhu. Na sáčku má být uvedena záruka klíčivosti, jméno závodu, který zodpovídá za pravost druhu, a obsah sáčku.
Větší zásilky se expedují v plátěném sáčku, který obsahuje přesně vyznačené množství semene a je opatřen jednou jmenovkou uvnitř sáčku a druhou připevněnou zevně.