Pro šlechtitele je kořenový systém velmi důležitý, protože je základní podmínkou pro vzrůst rostliny. Posuzujeme jeho mohutnost, hloubku, do které zasahuje, schopnost pronikat do půdy a osvojovat si živiny. Sledujeme také, jak se kořenový systém vytváří, tj. zda se rozkládá mělce pod povrchem či zda proniká do větší hloubky, jaký je poměr mezi vytvářením hlavních kořenů a kořenového vlášení. Tvar kořenového systému je charakteristický pro druh a někdy i pro odrůdu a jeho vlastnosti hodnotíme především při přesazování. Rostliny, které vytvářejí reservní orgány, např. hlízy nebo cibule, posuzujeme i podle těchto orgánů (např. tulipán, hyacint, mečík, jiřina, gloxínie, narcis, dosna, lilie aj.). Posuzujeme jejich velikost, tvar, poměr kořenů k nadzemním orgánům, zdravotní stav, včasné zatahování a jejich použitelnost pro rychlení. Všechny tyto vlastnosti jsou v určitém poměru k nadzemním orgánům a projeví se nejen při normálním růstu, ale zvláště při rychlení.